Согласно приказа министерства образования, науки и молодёжной политики Краснодарского края от 24.09.2019 № 3721 «О реализации проекта «Шахматы в школе» в общеобразовательных организациях Краснодарского края в 2019/2020 учебном году» в целях популяризации интеллектуального вида спорта шахматы среди обучающихся общеобразовательных организаций Краснодарского края средняя общеобразовательная школа № 16 стала участником проекта.
С 2017 года проводится обучение шахматам начальной школой (с 1-4 класс) и с 2019 года 5-6 классы.